Boa tarde!

Pelo que entendi, o contribuinte irá impugnar o lançamento, porém quer saber sobre a possibilidade de fazer um deposito administrativo, a fim de resguardar o desconto, caso o seu pedido não seja acatado.

O art. 1033, § 8º, II, "a" do RICMS/MT dispõe que, mediante o pagamento, o contribuinte desiste do processo e, portanto, não haverá decisão sobre o lançamento impugnado e sim uma confissão do lançamento:

Art. 1033...

§8° Ocorre a desistência do pedido de revisão de lançamento ou do recurso voluntário:

...

II – tacitamente:

a) pelo pagamento ou pedido de parcelamento ou compensação do montante do crédito tributário em litígio;