Bom dia!

Tenho uma empresa no qual enviou uma mercadoria para o estado MT, porem essa mercadoria foi parada na barreira fiscal pelo fato de não ter sido pago a GNRE na saída da nota fiscal e sim no vencimento conforme a guia. Sendo assim, a empresa foi penalizada e teve de recolher o TAD e assim foi feito. Porem a mesma também pagou posteriormente a guia da GNRE. 

Minha duvida e a seguinte, esse TAD que foi pago no ato da apreensão da mercadoria pelo posto fiscal já esta incluso o valor do ICMS ST que ainda não havia sido pago? Ou esse TAD e apenas uma taxa de penalização por descumprir a legislação e subsequentemente a empresa deve pagar a GNRE ?